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除了主线任务，剧情模式中也包含了许多支线任务，玩家既然是扮演立志要成为火影的主角漩涡鸣人，自然不能对于木叶忍者村中村民们的各种依赖视而不见，透过支线任务的进行，玩家就能获得额外的金钱以及道具。
此外还有搜集和培育要素，只要在主线任务的每一场战斗中达成额外的Bonus目标，玩家除了金钱以外还能获得更多「传说」与「英雄」的经验值，一旦升级之后就能解锁出更多强力的忍具以及忍术。
重建中的木叶忍者村有相当多的工作（支线任务）能够进行，完成任务后就能获得金钱与道具
主线任务中的战斗会附带一个可以选择是否要达成的特殊目标
完成后就能获得额外的金钱与经验值
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